Anderson sinh ra tại Côn Minh, Trung Quốc vào năm 1936. Ông là anh trai của nhà lý luận chính trị của Perry Anderson và một công dân Ai Len, cha ông là một quan chức Hải quan của Hoàng gia, ông lớn lên ở California và Ireland. Học tập một thời gian ngắn dưới sự hướng dẫn của Eric Hobsbawm, Anderson đã tốt nghiệp cử nhân về Nghệ thuật cổ điển ở Đại học Cambridge vào năm 1957. Ông chuyển sang Đại học Cornell từ năm 1958 để nghiên cứu bậc tiến sĩ về Indonesia, chịu nhiều ảnh hưởng từ George Kahin, John Echols và Claire Holt.

Anderson hoàn thành luận án tiến sĩ nhan đề: Cách mạng Pemuda: Chính trị Indonesia, 1945-1946 vào năm 1967 và giảng dạy trong khoa Chính phủ tại Đại học Cornell cho đến khi nghỉ hưu vào năm 2002. Làm biên tập viên của tạp chí liên ngành Indonesia từ năm 1966 đến 1984, Anderson đã nghiên cứu các chủ đề đa dạng như Chính phủ Indonesia, chính trị và quan hệ quốc tế, quyền con người, và vai trò của nó ở Đông Timor.